まずプレイリストを作り、曲を全て入れると存在する曲だけが入ります。
次にスマートプレイリストを作り、先ほどのプレイリストにない曲だけを指定すると存在しない曲だけが表示されます。
これを全て選択して削除すればよいです。
具体的な手順は次のとおりです。Windows(iTunes12.9)で確認しましたが、Macでもほぼ同様だと思います。

1. ファイル – 新規 – プレイリスト を選択。サイドバーに「プレイリスト」ができたことを確認。
2. サイドバーの「曲」をクリック。
3. 表示された曲をすべて選択(Ctrl+Aなど)して、先ほどの「プレイリスト」にドラッグ＆ドロップ。
4. ファイル – 新規 – スマートプレイリスト を選択。
   • 「次のルールに一致」にチェック。
   • 「ミュージック」を選択。
   • 「プレイリストが」「プレイリスト」「ではない」を選択。
   • 「OK」をクリック。
5. 「プレイリスト 2」ができたことを確認。
6. 「プレイリスト 2」の曲をすべて選択して、右クリック – ライブラリから削除 を選択。
7. 「曲を削除」をクリック。
8. 「プレイリスト」「プレイリスト 2」を削除。

これは新しいパソコンのiTunesの設定でKeep iTunes Media folder organizedにチェックを入れていたからです。この場合、アーティスト名、アルバム名、曲名で自動的にファイルを整理してしまいます。正しくタグが設定されていないファイルはアルバムもアーティストも「Unknown」にまとめられてしまいます。
一週間ほど修正してみましたが焼け石に水で、他の理由もあって、元のパソコンを使うことにしました。

入れ替え先のパソコンで不具合が起きていた曲を覚えていたので、元のパソコンで調べてみると確かにMP3のタグがセットされていません。iTunesではアーティスト名、アルバム名、曲名が正しくセットされているのになぜかMP3のタグがセットされていないのです。

このままだと、将来、同じことになるので、修正しておきたいです。そこで次のようにしました。
iTunesで曲を選択した状態で、File – Convert – Convert ID3 Tags とします。
ID3 tag version:にチェックを入れ、v2.3を選択しました。
これにより正しくMP3のタグがセットされました。

曲は複数選択できます。不具合の有無に関わらず、すべての曲を選択して処理してもいいかもしれません。私の環境では、13000曲を一気に処理したところ、問題なく修正されました。

どうやらChromeにGoogle Play Musicの拡張機能を入れたのが悪かったようです。ChromeでGoogle Play Musicを使うときにやはりメディアキーを使うことができます。このせいでバッティングが起きてしまったのだと思われます。
Chromeの拡張機能を開き、Google Play Musicをオフにします。

拡張機能をオフにするだけですので、Google Play Music自体は使えます。

2020年6月22日追記
拡張機能をオフにしても不具合が発生したので削除しました。

今回は曲に付けられているアートワークが削除できず困りました。Windowsです。

曲を選択しプロパティ(Get Info)を開きます。
アートワークのタブを選択します。
削除したいアートワークを選択します。
キーボードのDeleteを押します。

今まではこれでOKだったと思いますが、今回は削除できません。
「もしや」と思ってBackSpaceを押したところ、削除できました。
DeleteでなくBackSpaceを使うというのはWindowsでなくMacの作法ですよ！

もし削除できない場合は試してみてください。

準備

1. 「システム環境設定」を開く。
2. 「キーボード」ダイアログを開き、「ショートカット」を選択。
3. 左側の「サービス」を選択。
4. 右側の「スポークントラックとしてiTunesに追加」にチェックを入れる。
5. 「キーボード」ダイアログを閉じる。

手順

1. 例えば「Chrome」を開く。「テキストエディット」など対応しているアプリケーションならばよい。
2. 音声ファイルにしたい部分を選択する。
3. メニューの「Chrome」-「サービス」-「スポークントラックとしてiTunesに追加」を選択。
4. 「テキストをオーディオファイルにレンダリング」ダイアログが開く。
   • 「システムの声」を選択する。日本語ならば「Kyoko」または「Otoya」を選択。
   • 「名前」に適当な文字列をセットする。
   • 「場所」を選択する。
5. 「続ける」をクリック。
6. テキストが音声ファイルに変換される。iTunesを開くとプレイリストの「Spoken Text」に登録されている。

1. パソコンでiTunesを起動。
2. 左側のライブラリからAppを選択。
3. 右側に過去にインストールされたことのあるAppが表示される。
4. 右クリックから削除を選択。
5. 「ゴミ箱に入れる」をクリック。

Ctrlを押しながら左クリックで複数のAppを選択して削除することもできます。ドラッグでの選択もできます。

しかしiPhone5に買い替え、iTunesと同期したところ、iPhone上の「App Store」の表示が英語になってしまいました。
「これはiTunesのメニュー表示が英語であるのが原因に違いない」と思い、ジャンルの日本語化を防ぐ方法を調べてみました。
分かったのはiTunesの日本語ローカライズファイルをジャンルの部分だけ英語に書き換えてしまう方法があるということ。
しかしファイルがたくさんあって、どれを修正すればいいのか、よく分かりません。

さらに調べたところ、自動的に書き換えるツールがありました。
音楽方丈記 – iTunesの日本語リソースのジャンル情報を英語に書き換えるツールを作りました

使い方は簡単で、起動してファイルを指定して実行するだけ。
これでiTunes上のジャンルが英語表記のままで変わらなくなりました。
iTunes11でも正しく動作することを確認しました。
素晴らしいツールです。ありがとうございました。

Ashes To Ashes / David Bowie
Ashes To Ashes / Faith No More
Back To Back / Pretty Maids
Bad Is Bad / Huey Lewis & The News
Blow By Blow / Fleetwood Mac
Day After Day / Def Leppard
Day By Day / Talisman
Eye To Eye / Asia
Eye To Eye / Fates Warning
Eye To Eye / Slaughter
Face To Face / Foreigner
Fly People Fly / Scorpions
Frame By Frame / King Crimson
Home Sweet Home / Motley Crue
I Am I / Queensryche
Jet To Jet / Alcatrazz
Love To Love / UFO
Lover To Lover / Three
Many Too Many / Genesis
Metal On Metal / Anvil
Mine All Mine / Wigwam
Minute By Minute / The Doobie Brothers
My Oh My / Sad Cafe
My Oh My / Slade
Never Say Never / Mr. Big
Never Say Never / Styx
On And On / Angel
On And On / Stephen Bishop
One By One / Emerson
One On One / Hall & Oates
One On One / Uriah Heep
Over And Over / Black Sabbath
Over And Over / Madonna
Piece By Piece / Slayer
Play Minstrel Play / Blackmore’s Night
Ride Sally Ride / Sammy Hagar
Round And Round / Ratt
Round And Round / Spandau Ballet
Sabbath Bloody Sabbath / Black Sabbath
Step By Step / Club Nouveau
Step By Step / Uriah Heep
Strength Beyond Strength / Pantera
Sunday Bloody Sunday / U2
Time After Time / Cyndi Lauper
Who Made Who / AC/DC
Woman Oh Woman / Foreigner

数は結構ありますが「名詞 前置詞 名詞」型が多いです。これはあまり面白くありません。
期待していたようなパターンだと、他には「Fly People Fly」と「Home Sweet Home」くらいでしょうか。

アップルのサポートページ(iTunes：「コンピュータにバックアップを保存できない」という警告メッセージ)には
iTunesのメニューの編集-設定-デバイス-バックアップを削除
とするよう書かれています。
これでもうまくいかなかったので該当するフォルダを探して直に削除してみましたがそれでもダメ。

ネットで探すとiTunesの再インストールでできるようになる可能性が高いようです。
こちらの説明が詳しいです。
iOS 4.3.5のアップデートに失敗したときの解決方法 | りょーちの駄文と書評

iTunesの再インストールは結構手間が掛かりそうですし、アートワークや曲の再生回数などの情報はどうなるのか、分かりません。
バックアップやアップデートはできませんが、同期はできているようなので、次回のアップデートまで放置することにしました。

そこで考えたのが「Air Sharing」を使う方法。
私はiPhoneで使っています。
このアプリはWi-FiでPCからiPhoneの保存領域に直接、ファイルをコピーすることができます。
便利なのですが、私の環境では、iPadでこれを使うと同期に時間がかかって終わりません。

そこで「Dropbox」を使うことにしました。

Dropbox – Files – Online backup, file sync and sharing made easy.

いわゆるオンラインストレージというもので、サーバ上に自分専用の保存領域があって、ネットにつながる環境ならば、自由にデータをアップロードしたりダウンロードしたりできます。
無料で2ギガまで使えます。
とても便利だということは知っていたのですが、以前、別の似たようなサービスで使いにくい上に広告メールが頻繁に送られて閉口したことがあるので何となく避けていました。

ブラウザ上でも使えますが、ソフトをダウンロードしてインストールした方がよいです。
インストールするとマイドキュメントに専用のフォルダができます。
このフォルダにファイルをコピーすると、即座にウェブ上の「Dropbox」にコピーされます。コピーというよりは同期です。

次にiPadにiPad用のアプリ「Dropbox」をインストールしました。無料です。
するとフォルダに先ほどコピーしたファイル名が表示されています。
選択するとファイルの内容が表示されます。

さらにiPhoneにアプリ「Dropbox」をインストールしました。
3G回線で接続するとさすがに一瞬とは言えませんが、ちゃんとファイル名が表示され、内容を見ることができます。

写真だけでなく動画も問題なく表示されました。PDF、RTFも大丈夫でした。
他にも対応しているファイルが色々あるようですので、とにかく何でもかんでもPC上のフォルダにコピーしておけば、外出先でもiPhoneやiPadでファイルを見ることができそうです。